Історично відділ  був утворений на базі   групи  співробітників  відділу чисельних  методів  оптимізації (зав. від.  академік  НАН У Пшеничний Борис Миколайович). Науковим об’єднуючим  напрямком цієї групи  була теорія  диференціальних  ігор, прикладна  частина стосувалася  спецтематики (космос, авіація, воєнно-морський флот).  Спочатку була утворена  лабораторія ”Конфліктно-керованих процесів”  (1988, зав.лаб. д.ф.-м.н. А.О.Чикрій), яка стала  основою для  створення відділу “Оптимізації керованих процесів”  (1990 р.). Відділ сьогодні  є відомим  в Україні і  далеко  за її межами центром  математичних досліджень керованих систем.

У 2015 році  з об’єктивних  причин  до відділу було  приєднано  відділ  моделювання  інформаційно – функціональних систем  (зав. від.  д. ф.-м.н., професор Онопчук Юрій Миколайович), де займаються  дослідженням функціонування систем організму людини  в екстремальних  умовах (високогір’я, підводне середовище тощо) та моделюванням  спортивних  єдиноборств. 

Таким чином , коло застосувань  математичної теорії  керування  та теорії  динамічних  ігор  істотно  розширилося.  Це не лише конфліктні  ситуації у воєнній сфері, а й цілком мирні процеси, де завжди присутній  певний  конфлікт  інтересів.

У відділі 21 співробітник, з них  2 доктори та 11 кандидатів наук.